Исследовательская группа GW по изучению рака на факультете биохимии и молекулярной биологии Школы медицины и наук о здоровье опубликовала исследование, которое является первым в своем роде, использующим секвенирование мРНК для изучения экспрессии генома с беспрецедентным на данный момент разрешением при трех типах рака молочной железы. Исследование под названием "Транскриптомный ландшафт рака молочной железы с помощью секвенирования мРНК" опубликовано в выпуске журнала Scientific Reports от 14 февраля, нового журнала Nature с открытым доступом для больших объемов данных.

Рак молочной железы является основной причиной смерти от рака среди женщин, на его долю приходится около 23% от общего числа случаев рака и около 14% смертей от рака во всем мире. Одним из текущих узких мест, препятствующих трансляции текущих сигнатур экспрессии генов в интересах пациента, является крайне гетерогенный характер заболевания. Таким образом, один из способов продвинуться вперед - определить и получить более глубокое представление об элементах механизма регуляции транскрипции, которые в конечном итоге отвечают за фенотипические изменения, для следующего крупного скачка в геномных исследованиях и лечении рака молочной железы. И это именно то, что было сделано здесь, сказал старший автор и руководитель группы Ракеш Кумар, доктор философии, проекта.

Используя выборку из 17 пациентов с тремя различными типами рака молочной железы, исследовательская группа GW, в которую также вошли сотрудники Медицинского колледжа Джона Хопкинса и Медицинского колледжа Бейлора, изучила сходства и различия в их моделях экспрессии генов с целью выявления биологически значимых, терапевтически важных наборов мишеней в молочной железе.рак. Исследователи провели высокопроизводительное исследование для определения всеобъемлющего цифрового транскриптома и провели обширный сравнительный анализ трех групп рака молочной железы из общего числа 1,2 миллиарда считываний на различных уровнях процесса транскрипции. Сравнительный транскриптомный анализ выявил общие, а также дифференциально экспрессирующие транскрипты между тремя группами рака молочной железы. Кроме того, было также выявлено большое количество новых и неназванных транскриптов, раскрывающих глобальные транскриптомные адаптации рака молочной железы при всех трех видах рака молочной железы.

"Мы рады быть частью этого нового подхода к пониманию рака молочной железы. Впервые секвенирование мРНК тканей рака молочной железы человека дает знания о центральных регуляторных элементах транскрипции, демонстрируя неисследованные ниши, которые могут изменить понимание рака молочной железы ранее ", - сказал ведущий автор Джейанти Эсваран, доктор философии, директор Центра генома и протеомики McCormick в департаменте.

В то время как большинство исследований сегодня в основном сосредоточены на предварительно выбранных генах, подход GW использовал совершенно непредвзятый подход, чтобы получить оригинальный снимок транскриптома рака молочной железы. Исследователи GW работают над тем, чтобы лучше понять фундаментальные события, управляющие событиями, которые приводят к тому, что пациент страдает от рака молочной железы. При поиске высокообильных первичных групп транскриптов, которые, команда определила остеонектин, бета-полипептид, связывающий гуаниновый нуклеотид, бета-полипептид 2-подобный 1, кальнексин кальретикулин, субъединицу ферритина L и бета-2 микроглобулин (B2M) в качестве первой пятерки высокообильных первичных групп транскриптов при всех трех видах рака молочной железы. Исследовательская группа GW в настоящее время объединяется с другими исследователями рака молочной железы, чтобы использовать и подтвердить некоторые ключевые выводы этой работы.

"Из продолжающейся последующей работы в лаборатории становится ясно, что значение этого исследования выходит за рамки текущего цифрового транскриптома рака молочной железы, поскольку команда активно характеризует новые мутации в кодирующих белок генах и других элементах генома человека, которые могут иметь отношение к раку молочной железы," сказал доктор Кумар. Кроме того, работа, вероятно, повлияет на геномику рака молочной железы, регуляцию транскрипции рака и поможет построить новые биологические пути при раке молочной железы в ближайшие годы.